Losun frá skipum kemur til vegna eldsneytisbruna og flokkast öll losun þessa málaflokks hér undir. Hér er annars vegar átt við veiðiskip sem taka eldsneyti á Íslandi, s.s. fiskveiðiskip og þjónustubátar í fiskeldi, og hins vegar skip sem hefja og enda siglingu í íslenskri höfn, þ.e. ferjur, hvalaskoðunar¬skip og rannsóknaskip.
Aukin orkunýtni hefur leitt af sér mikinn loftslagsávinning nú þegar. Þegar kemur að orkuskiptum eru markaðslausnir fyrir hendi fyrir smærri báta, t.d. rafknúnir bátar, sem gætu hlotið styrki úr Orkusjóði. Tækniþróun hreinorkuskipa og viðeigandi aflgjafa í fiskveiði er enn óþroskuð og því nauðsynlegt að nýta íblöndun líf- og/eða rafeldsneytis í jarðefnaeldsneyti til að ná fram samdrætti í losun til skemmri tíma.